Menurut penuturan sesepuh warga cindaga, konon Desa Cindaga mulai terbentuk menjadi sebuah perkampungan atau desa sekitar abad XVI. Di awali dengan kedatangan para pelaut yang membawa perhiasan emas, perak, intan.
Mereka merupakan murid Sunan Kalijaga yang sedang menyiarkan agama islam kepada penduduk setempat, dalam perjalanannya ke arah selatan rombongan pelaut tersebut dihadang oleh gerombolan penyamun.
Para penyamun tersebut merampas kendaga yang berisi perhiasan berharga tersebut, lalu kendaga tempat perhiasan tersebut ditinggal begitu saja setelah isinya dikuras habis oleh gerombolan penyamun jahat itu.
Para pelaut itu tak mampu mengejar penyamun itu, sehingga akhirnya mereka memutuskan untuk menetap dan menikah dengan perempuan pribumi di daerah tersebut yang kini dikenal dengan nama Cindaga yang berasal dari kata "Cinde dan "Kendaga" yang artinya Cinde yang membawa Kendaga.
Sejarah Pemerintahan Desa Cindaga
I. Tahun 1905 s/d 1915 pemerintahan Ki Tirtareja memulai kepemimpinan di desa cindaga dilanjutkan Ki Penatus Haji yang menjabat selama kurang lebih 12 tahun.
II. Tahun 1915 s/d 1945 Kartadiwirya Siban menjadi Kepala Desa
III. Tahun 1945 s/d 1974 Suhadi hadi Prayitno menjadi Kepala Desa
IV. Tahun 1974 s/d 1979 Mohammad Sodikin menjadi Caretaker
V. Tahun 1980 s/d 1988 Dibyo Hadi Saputro menjadi Kepala Desa
VI. Tahun 1989 s/d 1998 Sadino menjadi Kepala Desa
VII. Tahun 1999 s/d 2007 Edi Daryanto menjadi Kepala Desa
VIII.Tahun 2007 s/d 2008 Kasim Nuryanto menjadi Kepala Desa
IX. Tahun 2011 s/d 2017 Andi Purwoko menjadi Kepala Desa
X. Tahun 2017 s/d 2023 Sukirah menjadi Kepala Desa
Demikian kiranya sejarah tentang desa cindaga ini kami haturkan, semoga tulisan ini bisa menjadi bahan cerita anak cucu kita kelak agar semakin mencintai desanya dan sebagai pengingat anak keturunan warga cindaga di seluruh dunia agar jangan sampai melupakan asal-usulnya.
